Mức hỗ trợ dao động từ 2,5 đến 5,5 tỷ đồng/đơn vị, tùy theo khu vực. Cụ thể, các xã, phường thuộc khu vực đồng bằng được hỗ trợ 2,5 tỷ đồng; xã miền núi thuộc huyện miền núi thấp cũ được hỗ trợ 4 tỷ đồng; xã miền núi cao được hỗ trợ 5,5 tỷ đồng.
Nguồn kinh phí được bố trí từ ngân sách trung ương theo các Quyết định số 1571 và 1353 của Thủ tướng Chính phủ, cùng với ngân sách tỉnh Thanh Hóa.
Các khoản hỗ trợ tập trung vào việc sửa chữa, nâng cấp cơ sở vật chất và trang thiết bị thiết yếu cho Trung tâm Phục vụ hành chính công cấp xã; mua sắm trang thiết bị phục vụ cán bộ; sửa chữa trụ sở làm việc của cơ quan Đảng, chính quyền, Mặt trận Tổ quốc cấp xã; xây dựng, sửa chữa nhà công vụ cho cán bộ, công chức lưu trú tại xã miền núi, cùng các nhiệm vụ cần thiết khác. Các xã, phường tiếp nhận trụ sở làm việc của cấp huyện cũ không thuộc diện hỗ trợ.
Việc phân bổ kinh phí nhằm bảo đảm hoạt động hành chính thông suốt, ổn định sau khi sắp xếp đơn vị hành chính. Đây cũng là bước hỗ trợ quan trọng để các địa phương kiện toàn tổ chức bộ máy, đảm bảo điều kiện làm việc cho cán bộ cơ sở.
Sau sắp xếp, tỉnh Thanh Hóa còn 166 đơn vị hành chính cấp xã, gồm 147 xã và 19 phường. Trong đó, 145 đơn vị hình thành mới. Riêng 21 xã thuộc vùng núi cao, biên giới như Mường Lý, Tam Chung, Phú Xuân, Na Mèo… không thực hiện sắp xếp do yếu tố địa hình và đặc thù dân cư.
