Theo đó, các nhiệm vụ trọng tâm gồm: kiểm soát chặt nguồn thải, hoàn thiện mạng lưới quan trắc, công khai thông tin chất lượng nước, xây dựng đề án phục hồi nguồn nước suy thoái và thành lập tổ chức lưu vực sông để điều phối quản lý.
Bộ Nông nghiệp và Môi trường sẽ phối hợp chặt chẽ với Bộ Công an, Bộ Xây dựng, Bộ Công Thương và địa phương để kiểm tra, xử lý vi phạm, nâng cấp hạ tầng xử lý nước thải và giám sát các khu công nghiệp.