Hội đồng quản lý bệnh viện gồm 11 thành viên, do Bộ trưởng Y tế chỉ định Chủ tịch và thành viên. Trong thời hạn sáu tháng, Hội đồng quản lý trình Bộ trưởng Y tế phê chuẩn Quy chế hoạt động của Hội đồng, thành viên Hội đồng, Giám đốc, Phó Giám đốc Bệnh viện. Bệnh viện thực hiện cơ chế tự chủ tài chính đối với đơn vị sự nghiệp công lập theo quy định; phân phối kết quả tài chính trong năm bảo đảm công khai, minh bạch,... Bệnh viện được Nhà nước tiếp tục bố trí vốn để hoàn thành các dự án đầu tư công thuộc kế hoạch đầu tư công trung hạn giai đoạn 2016 - 2020.
