Trước yêu cầu của tình hình mới, ngày 3/1/1964, Bộ Quốc phòng ra Quyết định số 01/QP-QĐ nâng cấp Cục Hải quân thành Quân chủng Hải quân, Ban chỉ huy Cục thành Bộ Tư lệnh Quân chủng, với nhiệm vụ: “Chỉ huy, lãnh đạo xây dựng Quân chủng Hải quân, đảm nhận nhiệm vụ hoạt động chiến đấu trên không phận, hải phận, bờ biển miền bắc”. Đây là sự kiện quan trọng đánh dấu bước phát triển mới cả về quy mô tổ chức và sức mạnh chiến đấu của Hải quân, lực lượng nòng cốt trong quản lý, bảo vệ chủ quyền và chiến đấu trên chiến trường sông biển, hải đảo của Tổ quốc.